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Oftmals wird bei der Entwicklung von FPGA-Schaltungen von Programmierung gesprochen. Der Begriff ist in diesem Kontext aber anders zu verstehen, als es von der Erstellung von Software für Prozessoren her bekannt ist. Im Rahmen des Entwicklungsprozesses erfolgt zunächst ein Schaltungsentwurf, gefolgt von einer Prüfung der entstandenen Hardwarebeschreibung mittels Simulationswerkzeugen und dann eine Implementierung (Place and Route) sowie ggf. laufzeitbasierende Simulation. Erst danach kann die implementierte Schaltung am realen FPGA erprobt werden.

Erstellt wird die Konfiguration eines FPGA entweder grafisch mittels eines Schaltplans (englisch schematic) oder textuell mit einer Hardwarebeschreibungssprache. Dies sind primär VHDL oder Verilog, welche die gesamte Funktion der Schaltung in Form von Strukturen und Abläufen beschreibt. Die Strukturen und die Verschaltung derselben kann dabei durch Text oder graphische Werkzeuge erfolgen, die ähnlich einem Schaltplaneditor arbeiten. Ein typisches Werkzeug ist der HDL-Designer. Daneben bieten fast alle Hersteller in ihrer tool chain grafische Entwurfswerkzeuge an.

Die im FPGA erforderlichen Ablaufsteuerungen lassen sich durch endliche Automaten darstellen. Der beschreibende Code wird entweder als HDL eingegeben oder ebenfalls mit einem grafischen Entwurfswerkzeug in einem Zwischenschritt automatisch erzeugt.

Darüber hinaus lassen sich mit herstellerunabhängigen grafischen Programmiersystemen wie LabVIEW, Matlab/Simulink oder dem kostenfreien Logiflashcite-ref-5[5] Schaltungsmodule und Abläufe für einen FPGA automatisch erstellen.

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